큰 구렁이에게 쫓긴 왕자 타미노는 밤의 여왕의 세 시녀에게 구출되어 여왕의 딸 파미나가 수도자 자라스트로에게 납치되었음을 알게 된다. 이에 타미노는 파미나의 아름다운 모습에 반해 그녀를 구해 내기로 결심한다. 왕자는 공주를 구하기 위해 새장수 파파게노를 데리고 자라스트로를 무찌르러 가는데, 자라스트로는 선의 숭배자이고 밤의 여왕이 악의 화신인 것을 알게 된다.

타미노는 파미나와 영원한 사랑을 위해 자라스트로가 제시한 시련을 이겨내고, 파파게노 역시 순수한 마음으로 모든 상황을 극복해 파파게나와 사랑을 이루게 된다. 한편 밤의 여왕과 악의 심복 모노스타토스와 세 시녀들은 자라스트로에게 복수를 위해 찾아오지만, 천둥과 함께 지옥으로 떨어지면서 선의 승리로 막이 내린다.